Chiariamo subito che l’alitosi dipendente da malattie generali riguarda solamente il 10% dei soggetti che lamentano questo disturbo e aggiungiamo che normalmente non è il primo sintomo che questi avvertono. Molte persone ritengono che l’alito cattivo possa dipendere da patologie dell’apparato digerente e che proprio per questo non ci sia nulla da fare: è importante sapere che solo l’1% degli individui affetti da alitosi hanno problemi a livello del sistema digerente! L’alitosi da cause gastriche è molto rara e richiede un funzionamento errato del cardias, lo sfintere che separa lo stomaco dall’esofago, con reflusso esofageo.
Malattie sistemiche in grado di provocare alitosi sono il diabete mellito, l’insufficienza renale cronica, epatopatie gravi per l’alterazione dei normali equilibri metabolici, ma si tratta del 2/3% dei casi.
Più frequentemente delle altre malattie, quelle otorinolaringoiatriche, sinusiti e tonsilliti ad esempio, possono comportare alito sgradevole per la presenza di essudato e colonie batteriche nel cavo orale o in zone che comunicano con questo ma rappresentano comunque un'esigua quantità dei casi di alitosi rispetto a quelli che dipendono da problemi di pertinenza odontontoiatrica. Nelle cripte tonsillari, che si presentano come cavità tortuose, possono accumularsi detriti organici che una volta colonizzati da batteri produttori di composti solforati danno luogo al fenomeno dell'alitosi e che in alcuni casi, calcificando, provocano la produzione di tonsilloliti.